El nombre latino, Cryptogamae, deriva de las raíces griegas κρυπτός (kryptos) y γάμος (gamos), que significan respectivamente, 'escondido' y 'unión sexual'. Este nombre era usado desde Linneo para referirse a las plantas sin flores y por extensión aquellas cuyos aparatos de reproducción no eran visibles a simple vista, cuya mayor diferencia de las fanerógamas (Spermatophyta) es que éstas se propagan por semillas, habiéndose observado solo la propagación por esporas. En las semillas intervienen procesos y elementos similares a los de las esporas, pero las semillas son pluricelulares en tanto que las esporas son unicelulares, es por esta razón que se les llamóesporafitas.
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